ما إن بدأت الشركة الإماراتية عمليات التشغيل للميناء؛ حتى توافدت شكاوى جماعية من سكان قرى الساحل الشمالى بحدوث تآكل للشواطئ، وظهور طبقة صخرية في بعض القرى السياحية، التي تقع إلى الشرق من ميناء مراسي الجديدة.